《摇曳庄的幽奈同学动漫》剧情简介：阿笠博士带着柯南和哀拜访了哀父亲的儿时的玩伴出岛。但就在这时出岛却被毒死！小哀担心可能是暗黑组织发现了姐姐留下的东西而杀人灭口，但柯南予以否定并道出了凶手利用厕所的抽纸而实行的杀人计划，而凶手正是设计所的设计员。案件解决后小哀终于拿到了姐姐留下的妈妈的遗物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行动。